Blaster Master Zero 3's hybride van sidescrolling en top-down actie is terug voor zijn derde hoofdstuk, en intenser dan ooit tevoren! Hoofdpersoon Jason reist naar waar de serie allemaal begon, de planeet Sophia, om serieheldin Eve te redden in dit laatste deel van de BMZ-trilogie.In de vorige game, Blaster Master Zero 2, bereiken Jason en zijn partner Eve eindelijk hun bestemming, de planeet Sophia, na een lange en moeizame reis door de ruimte.

Bij aankomst lag er echter al een nieuwe dreiging op hen te wachten.Zonder waarschuwing werden ze aangevallen, gevangengenomen en van elkaar gescheiden door Sophia's leger, de Sophia Force.Jasons nieuwe reis begint op Sophia nadat hij ontsnapt uit de Sophia Force-basis aan boord van zijn All-Terrain Battle Tank, G-SOPHIA SV, en zijn zoektocht naar Eve begint.- De finale van de "Jason Saga" is hier!Van de diepten van planeet Aarde tot de ruimte, en nu voorbij de dimensionale kloven, komt dit charmante intergalactische verhaal tot zijn epische conclusie!- De situatie "omkeren" met het VRV-systeem om een ​​nieuwe weg vooruit te vinden!.